500万以下で土地売却した際の税金はいくら？優遇措置について徹底解説

相続などで土地を所有することになっても、特に使う予定がなければ売却しないと維持費が負担になってしまいます。

しかし、土地の売却には税金がつきものです。査定を受けて500万円以下と評価された場合、いくらの税金がかかるのでしょうか。手元に残る額によっては使い道が変わってくるため、正確に把握しておきたいものです。

そこでこの記事では、500万円以下で土地を売却した場合の税金の種類・計算シミュレーション・使える優遇措置について網羅的に解説します。

何も知らないでいると、想定していたよりも手元にお金が残らないかもしれません。本記事を参考に、土地売却で損をしないようにしましょう。

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土地売却によって発生する税金の種類

土地を売却すると、利益や作成する書類に対して税金の支払いが求められます。納税しなかったり不足があったりすると、加算税や延滞税といったペナルティが課されます。まずは、どのような種類の税金が発生するのかを見ていきましょう。

譲渡所得税（所得税・住民税・復興特別所得税）

土地の売却で利益（譲渡所得）が出ると、所得税・住民税・復興特別所得税の3つが課税されます。これらをまとめて譲渡所得税と呼びます。

譲渡所得は次の計算式で求められます。

• 取得費：購入代金、購入手数料、取得時の登録免許税、不動産取得税など
• 譲渡費用：仲介手数料、測量費、解体費用など

この譲渡所得に対して、土地の所有期間に応じた税率がかけられます。所有期間は売却した年の1月1日時点で判定されます。

区分	所有期間	所得税	住民税	復興特別所得税	合計税率
短期譲渡所得	5年以下	30%	9%	0.63%	39.63%
長期譲渡所得	5年超	15%	5%	0.315%	20.315%

復興特別所得税は東日本大震災の復興財源確保のために2037年まで所得税額に対して2.1%が上乗せされるものです。

たとえば500万円で土地を売却して300万円の利益が出た場合、短期なら約119万円、長期なら約61万円もの税金がかかります。所有期間による差は大きいため、売却のタイミングも重要です。

住民税の納税は分割が可能で、給与所得者は確定申告した年の6月から毎月の給料から天引きされます。自営業の場合は一括か年4回の分割を選択できます。

印紙税

印紙税とは経済的な取引の際に契約書等を作成すると発生する税金で、土地の売却では売買契約書の作成時に必要です。

契約書に記載する金額で印紙税額は変わります。平成26年4月1日から令和9年3月31日（2027年3月31日）までに作成される不動産売買契約書には軽減措置が適用されます。

契約書の金額	本則税額	軽減後の税額
10万円超〜50万円以下	400円	200円
50万円超〜100万円以下	1,000円	500円
100万円超〜500万円以下	2,000円	1,000円
500万円超〜1,000万円以下	1万円	5,000円
1,000万円超〜5,000万円以下	2万円	1万円
5,000万円超〜1億円以下	6万円	3万円

500万円以下で土地を売却する場合、印紙税は軽減措置の適用で1,000円です。該当する額の収入印紙を購入し、売買契約書に貼り付けて消印します。もし貼り忘れが発覚すると、罰金として納税額の3倍が課されるため注意しましょう。

登録免許税

登録免許税は、不動産の名義変更（所有権移転登記）や抵当権の抹消登記の際にかかる税金です。

土地の売却で売主が負担するのは主に抵当権抹消登記で、費用は不動産1件につき1,000円です。所有権移転登記にかかる登録免許税は、慣例として買主が負担するのが一般的です。

住宅ローンが残っている土地を売却する場合は、抵当権の抹消が必要となるため覚えておきましょう。なお、司法書士に手続きを依頼する場合は別途報酬が1万〜2万円程度かかります。

【シミュレーション】500万円で土地を売却した場合の税額はいくら？

土地売却の税金は計算式だけでは実感が湧きにくいため、具体的な4パターンでシミュレーションしてみましょう。いずれも売却価格は500万円、譲渡費用（仲介手数料等）は20万円として計算します。

パターン1：取得費が判明している場合（長期譲渡所得）

相続した土地で取得費が300万円とわかっている場合（所有期間5年超）。

項目	金額
売却価格	500万円
取得費	300万円
譲渡費用	20万円
譲渡所得	180万円
税額（20.315%）	約36万5,670円

所得税27万円 ＋ 住民税9万円 ＋ 復興特別所得税5,670円 ＝ 約36.6万円

パターン2：取得費が判明している場合（短期譲渡所得）

同じ条件で所有期間が5年以下の場合。

項目	金額
売却価格	500万円
取得費	300万円
譲渡費用	20万円
譲渡所得	180万円
税額（39.63%）	約71万3,340円

長期と比べて約34.8万円も税額が高くなります。可能であれば所有期間5年超えを待ってから売却することで大きな節税になります。

パターン3：取得費が不明な場合（概算取得費5%を使用）

相続した土地で購入時の契約書が見つからず、取得費が不明な場合は売却価格の5%を概算取得費として計算します（所有期間5年超）。

項目	金額
売却価格	500万円
概算取得費（5%）	25万円
譲渡費用	20万円
譲渡所得	455万円
税額（20.315%）	約92万4,300円

取得費がわかるパターン1と比べて約55.9万円も税額が増えます。相続で土地を取得した場合は、被相続人が購入したときの契約書や領収書を必ず探しましょう。見つからない場合でも、取得費を証明できる資料（通帳の振込記録、購入時の媒介契約書など）があれば、概算取得費より高い金額を取得費にできる可能性があります。

パターン4：低未利用土地の特別控除を適用した場合

パターン3と同じ条件で、低未利用土地の特別控除（100万円）を適用した場合。

項目	金額
売却価格	500万円
概算取得費（5%）	25万円
譲渡費用	20万円
特別控除	100万円
譲渡所得	355万円
税額（20.315%）	約72万1,200円

控除なしのパターン3と比べて約20万3,100円の節税になります。取得費が不明で譲渡所得が大きくなりがちなケースでは、この特別控除の恩恵は大きいといえるでしょう。

500万円以下の土地売却で使える優遇措置（低未利用土地の特別控除）

低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除は、500万円以下の土地売却で使える節税制度です。令和2年度の税制改正で新設され、その後も改正を経て制度が拡充されています。

ここでは制度のあらましや控除額、適用条件について解説します。自身の土地売却で使えるかチェックしてみましょう。

低未利用土地とは

低未利用土地とは居住用の家が建てられていなかったり、土地活用で借地にしていなかったりして、近隣より利用頻度が低い土地のことです。具体的には空き地、空き家（使用されていないもの）、資材置場、駐車場として暫定利用されている土地などが該当します。

査定額が安い土地でも売却に手間はかかり、仲介手数料や登記費用が発生します。もし測量まで必要になると費用は数十万円かかり、利益が出ても手元にはほとんど残りません。

手間をかけても利益が少ないからと、低未利用土地が放置されて増え続けると、有効な土地活用が難しくなります。そこで国はこの優遇制度により、低未利用土地の流通促進・地域活性化・所有者不明土地の発生予防を図っています。

控除額と節税効果

一定の条件を満たした低未利用土地を売却すると、譲渡所得から最大100万円を控除できます。

控除前の譲渡所得が100万円以下の場合は、その金額が控除の上限です。たとえば控除前の譲渡所得が80万円なら、控除額は80万円となり譲渡所得は0円になります。

前述のシミュレーション（パターン4）で示したとおり、取得費が不明なケースでは約20万円の節税効果があります。

適用条件（8つの要件）

正式名称は「低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」で、次の要件をすべて満たす必要があります。

都市計画区域とは都市計画法によって定められた地域区分の一つです。売却する土地が都市計画区域内かどうかは、自治体の公式ホームページや都市計画課で確認できます。

800万円拡充の対象区域【令和5年度/令和8年度改正】

令和5年度の税制改正で、以下の区域に所在する低未利用土地については売却価格の上限が800万円に拡充されました。

この800万円の拡充措置は、令和8年度改正でも引き続き維持されています。自身の土地が市街化区域内にあるかどうかは、自治体の都市計画図で確認しましょう。

これにより、「500万円を超えるため対象外だった」という土地でも、市街化区域内であれば800万円以下なら控除を受けられる可能性があります。

低未利用土地等確認書の取得方法

売却する土地が低未利用土地であることを客観的に証明するには、低未利用土地等確認書が必要です。確定申告で控除を申請する際の必須書類となります。

必要書類

低未利用土地等確認書を取得するには、次の書類を用意します。

「売却後の利用確認書類」は買主に依頼して用意してもらう必要があります。売買が成約した段階で早めに依頼しておくと、連絡も取りやすくスムーズに収集できるでしょう。

申請先と発行の流れ

必要書類がそろったら、売却する土地が所在する自治体の役場に提出します。担当課は自治体によって異なりますが、都市計画課や政策企画課が対応しているケースが多いです。窓口で確認しましょう。

提出した書類は返却されないため、事前にコピーを取っておくと安心です。問題なく手続きが進むと、約2週間程度で確認書が発行されます。受け取りの際は本人確認書類（マイナンバーカード・運転免許証など）を持参してください。

優遇措置を受けるための確定申告の手順

低未利用土地の特別控除を含め、土地売却の優遇措置は確定申告で申請しなければ適用されません。条件を満たしていても、自動的に控除されるわけではないため注意が必要です。

確定申告が必要なケース・不要なケース

土地を売却したすべての人に確定申告が必要なわけではありません。

特別控除を適用して譲渡所得が0円になるケースでは確定申告が必要です。控除を使わなければ利益が出ている状態のため、確定申告を忘れると無申告加算税の対象になります。

必要書類を準備する

500万円以下の低未利用土地の特別控除を適用する場合は、次の書類を用意します。

確定申告書や譲渡所得の内訳書は、確定申告の時期になると国税庁のホームページからダウンロードできます。紙で欲しい場合は最寄りの税務署でも入手可能です。

マイナンバーカードは発行に1か月程度かかることがあるため、まだ持っていない人は余裕をもって申請しておきましょう。

申告書を作成する

確定申告書に住所・氏名および必要事項を記入していきます。

紙の申告書で手計算すると書き間違いや計算ミスが起きやすいため、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用するのがおすすめです。画面の案内に従って金額を入力すれば、自動で計算してくれるため、ミスを防ぎやすくなります。

自分で作成する時間がない人や不安がある人は税理士に依頼しましょう。数万円の費用はかかりますが、必要書類の不足分も教えてもらえ、優遇措置の適用ミスもなくなります。

書類を提出する

作成した確定申告書・内訳書に必要書類を添付し、売却した翌年の2月16日から3月15日の間に提出します（土日祝の関係で若干前後する年があります）。

紙で作成した場合は、郵送するか税務署の窓口に提出してください。郵送は期限日の消印であれば有効です。

提出の手間をかけたくない人にはe-Taxがおすすめです。マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、自宅から24時間いつでも提出できます。添付書類はカメラやスキャナで電子化し、PDF形式で送信します。

土地売却で使えるその他の特例・控除一覧

低未利用土地の特別控除は最大100万円の控除ですが、土地の状況によっては他の特例のほうが有利な場合もあります。併用はできないため、どの制度を使えば最もお得かを比較しましょう。

居住用財産の3,000万円特別控除

住んでいた家や土地（居住用財産）を売却するときに使える特別控除です。

家を解体して更地にした場合でも、取り壊しから1年以内に売却し、その間に駐車場経営等をしていなければ適用可能です。

控除額は最大3,000万円と高額で、よほど土地の価値が高騰していない限り譲渡所得を0円にできます。

相続した空き家の3,000万円特別控除

相続で取得した空き家と土地を売却する場合に使える控除です。

書類の準備に手間はかかりますが、最大3,000万円の控除は大きなメリットです。古い家を相続した場合は築年数を確認してみましょう。

10年超所有の軽減税率の特例

所有期間10年を超える居住用財産を売却した場合に、通常より低い税率が適用される特例です。

譲渡所得	税率
6,000万円以下の部分	14.21%
6,000万円超の部分	20.315%

6,000万円以下の部分は通常の20.315%から6.105%分の節税になります。

この特例は居住用財産の3,000万円特別控除と併用可能です。

相続財産の取得費加算の特例

相続で取得した土地を相続税の申告期限（相続開始から10か月）の翌日から3年以内に売却した場合、支払った相続税の一部を取得費に加算できる特例です。

取得費が増えると譲渡所得が減るため、結果として税額が下がります。相続税を支払って間もない状態で土地を売却する場合には、この特例の適用を検討しましょう。

特例の併用可否まとめ

土地売却で使える主な特例の併用可否を整理します。

特例	低未利用土地控除	居住用3,000万円控除	相続空き家3,000万円控除	10年超軽減税率	取得費加算
低未利用土地控除	—	×	×	×	×
居住用3,000万円控除	×	—	×	○	×
相続空き家3,000万円控除	×	×	—	×	×
10年超軽減税率	×	○	×	—	×
取得費加算	×	×	×	×	—

低未利用土地の控除は他の譲渡所得の特例と併用できません。どの制度を使えば最も節税効果が大きいか、事前にシミュレーションして比較することが大切です。

土地売却の税金に関するよくある質問

まとめ

土地の売却価格が500万円以下であっても、利益が出れば譲渡所得税が課されます。何も対策しなければ利益の約20〜40%を税金で失い、手元に残るお金は大幅に減ってしまうでしょう。

特に取得費が不明な場合は概算取得費（5%）で計算され、税額が跳ね上がるため注意が必要です。

しかし、低未利用土地の特別控除をはじめ、確定申告で適用できる優遇措置は複数用意されています。令和8年度の税制改正で適用期限が2028年末まで延長され、市街化区域等では800万円以下の土地も対象になりました。

利益次第では税金を0円にできる可能性もあるため、制度を利用しないのは節税の観点から大変もったいないです。本記事で紹介した特例の条件を確認し、最もお得な制度を選んで確定申告を必ず行いましょう。

※「資産活用おすすめナビ」は以下に記載されたリンク先からの情報をもとに、制作・編集しております。

・https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3226.htm
・https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3258.htm
・https://www.mlit.go.jp/totikensangyo/totikensangyo_tk5_000074.html